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测试页：AI预测蛋白质结构 - Protenix的快速部署和应用

本页面为测试使用，内容不可靠

应用概述​

应用概述

使用场景​

本应用适合（推荐）使用的场景

操作步骤​

部署前准备工作​

本次部署使用到Docker和Kubernetes，请准备好Docker环境，并确保本地有可用的Kubernestes客户端工具kubectl。 Docker环境安装请参考官方文档：https://docs.docker.com/get-docker/ kubectl安装请参考官方文档：https://kubernetes.io/docs/tasks/tools/

模板脚本文件下载​

请下载模板脚本文件，并解压到本地目录。 链接：***（脚本压缩包下载地址）

具体每个步骤应该有：操作目的，方法，结果检验等部分组成

开通集群​

资源要求​

最少资源及推荐资源估算

申请开通​

脚本准备​

在前面下载并解压的模板脚本文件中，对所有文件进行变量替换。

需要替换的变量有：

变量名说明来源例子
cluster_name集群名称开通集群后给出的名称vckg0tnisvp6
storage_class_name存储类别名称集群创建时默认创建的存储类别名称mas-cephfs-hdd-vckg0tnisvp6
GPU_resource_nameGPU标签集群创建时分配的并要使用的GPU标签nvidia.com/gpu-h800
s3_endpoint对象存储服务端点集群创建时分配的对象存储服务端点s3.hd-01.alayanew.com:8081
s3_access_key对象存储访问密钥集群创建时分配的对象存储访问密钥3CCE5ZNO1PW034C8LFGZ
s3_secret_key对象存储密钥集群创建时分配的对象存储密钥aVTIoDlSuU8gbVJvze32A0x5Vh9jYVuzng7CX3fd
harbor_endpoint镜像仓库服务端点集群创建时分配的镜像仓库服务端点https://registry.hd-01.alayanew.com:8443
harbor_username镜像仓库用户名集群创建时分配的镜像仓库用户名hb_abc123
harbor_password镜像仓库密码集群创建时分配的镜像仓库密码123456
secret准备​

secret文件是用于保存敏感信息的，如对象存储的密钥等。本次部署中需要对harbor registry的用户名和密码进行加密，并保存到secret文件中。

  • 当执行过前面的步骤后，请将harbor-config.json中的内容做base64编码。linux中可以使用base64命令进行编码。或者在线网站也可以进行编码。可以参考：https://tool.lu/encdec/
  • 将编码后的内容保存到harbor-secret.yaml的.dockerconfigjson字段。 例子：
apiVersion: v1
kind: Secret
metadata:
  name: alaya-harbor-secret
  namespace: protenix
type: kubernetes.io/dockerconfigjson
data:
  .dockerconfigjson: <base64编码后的内容>

镜像准备​

包括以下步骤：

  1. 执行Dockerfile文件，生成镜像
  2. 登录镜像仓库，推送镜像 请执行image.sh(linux)或者image.bat(windows)脚本，完成镜像的构建和推送。 当执行完毕后，请检查镜像仓库中是有镜像文件registry.hd-01.alayanew.com:8443/vc-huangxs/protenix-dc:v0.0.1存在。 关于如何查看镜像仓库，请参考：https://xxx.com/yyyyy/zzzzz

模型，数据准备​

模型文件：https://af3-dev.tos-cn-beijing.volces.com/release_model/model_v1.pt
数据文件：https://af3-dev.tos-cn-beijing.volces.com/release_data.tar.gz
注意： 数据文件较大，下载时间较长，请耐心等待。
如果只做推理，那么只需要下载以下两个文件即可：

准备工作包含以下步骤：

  1. 下载上面的模型文件和数据文件
  2. 上传到对象存储中

请执行以下脚本：

  1. 进入前面下载并解压的模板脚本文件目录
  2. linux环境：data_prep.sh 或者 data_prediction_prep.sh
  3. windows环境：data_prep.bat 或者 data_prediction_prep.bat

脚本执行完成后，请在对象存储中确认数据文件已经上传成功。 关于对象存储的使用，请参考：https://xxx.com/yyyyy/zzzzz

部署应用​

包含以下步骤：

  1. 执行k8s配置文件，部署应用
  2. 检查k8s部署结果
  3. 进入pod，并进行初始化

执行部署脚本​

请执行deploy.sh(linux)或者deploy.bat(windows)脚本，完成应用的部署。确保执行过程中没有错误。

检查部署结果​

请执行以下命令：

kubectl get pods -n protenix

如果出现以下输出，说明部署成功：

NAME                               READY   STATUS    RESTARTS   AGE
deploy-protenix-7bfc98c86d-ls67t   1/1     Running   0          5h10m

其中deploy-protenix-7bfc98c86d-ls67t是pod的名字，每次部署都会产生一个新的pod名字，后面的命令都需要使用这个名字。

进入pod，并进行初始化​

请执行以下命令：

kubectl exec -it deploy-protenix-7bfc98c86d-ls67t -n protenix -- /bin/bash

注意： 请使用实际的pod名字替换上面的deploy-protenix-7bfc98c86d-ls67t。

进入pod后，请执行以下命令：

/app/init.sh
# 对于只做推理的情况，请执行以下命令：
/app/init_prediction.sh

请做一下检查：

  • /workspace中存在目录protenix
  • 模型检查：/af3-dev/release_model/model_v1.pt
  • 数据检查：
    • 如果只做推理，那么只需要检查以下两个文件：
      • /af3-dev/release_data/components.v20240608.cif
      • /af3-dev/release_data/components.v20240608.cif.rdkit_mol.pkl
    • 如果做训练，那么需要在/af3-dev/release_data/目录下检查以下文件： 
      ├── components.v20240608.cif [408M] # ccd source file
      ├── components.v20240608.cif.rdkit_mol.pkl [121M] # rdkit Mol object generated by ccd source file
      ├── indices [33M] # chain or interface entries
      ├── mmcif [283G]  # raw mmcif data
      ├── mmcif_bioassembly [36G] # preprocessed wwPDB structural data
      ├── mmcif_msa [450G] # msa files
      ├── posebusters_bioassembly [42M] # preprocessed posebusters structural data
      ├── posebusters_mmcif [361M] # raw mmcif data
      ├── recentPDB_bioassembly [1.5G] # preprocessed recentPDB structural data
      └── seq_to_pdb_index.json [45M] # sequence to pdb id mapping file

开始使用​

使用的基本说明，对于进一步的使用，可以引用其他文档（应用自己的说明）；

使用中的注意事项

了解更多：​

关于应用的、部署方案等的进一步说明

关于license​

“请按照。。。的版权要求使用” + license文件连接

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You can also import utilities or any other export from CDN:

这是标题1
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内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容内容
apt-get update && apt-get install -y apt-transport-https
curl -fsSL https://mirrors.aliyun.com/kubernetes-new/core/stable/v1.28/deb/Release.key |
gpg --dearmor -o /etc/apt/keyrings/kubernetes-apt-keyring.gpg
echo "deb [signed-by=/etc/apt/keyrings/kubernetes-apt-keyring.gpg] https://mirrors.aliyun.com/kubernetes-new/core/stable/v1.28/deb/ /" |
tee /etc/apt/sources.list.d/kubernetes.list
apt-get update
apt-get install -y kubectl

#!/bin/bash

FILE_PATH="./example.txt"

if [ -f "$FILE_PATH" ]; then
  echo "File exists. Reading contents..."
  cat "$FILE_PATH"
else
  echo "File does not exist."
fi

HighlightCode组件同样支持多种编程语言，包括但不限于： JavaScript CSS HTML/XML SQL Java Python PHP Ruby C/C++ C# Bash Go Swift Objective-C Scala Haskell R Julia Perl Lua MATLAB CoffeeScript TypeScript Rust VHDL Verilog Ada Erlang Elixir Fortran Groovy Kotlin OCaml Pascal Racket Scheme Smalltalk Tcl Visual Basic .NET

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